No. Poner enlaces de afiliados no es una violación de las normas de Google. Siempre que tengas una página normal y corriente y unos cuantos enlaces de afiliación para rentabilizar tu contenido. Otra cosa es que tú consideres que lo normal y corriente es hacer páginas del tipo “thin affiliate” 
El caso es que esta es una pregunta que lleva tiempo rondando por ahí, por ejemplo en relación con los enlaces a Amazon que puedas haber colocado en tu web. No es que Amazon te pague por ponerlos ¡ja! es decir, no hay compra-venta de enlaces, si bien los has puesto porque esperas obtener un beneficio económico cuando a través de ellos se produzca alguna venta. Había visto respuestas que parecían indicar que posiblemente los links de afiliación no tenían la consideración de paid links y que por lo tanto se salvaban de la quema, Aparte de eso, cuando ellos mismos recomiendan las redirecciones 301 internas de los links de afiliación será porque mal no les parecen. Aún así probé hace tiempo por si acaso a ponerles no follow (eso no podía hacerme daño) y puedo decir que total, no se notó ninguna diferencia, es decir, ni mejoró, ni empeoró el posicionamiento.
Y para rematar, recordemos que Google tiene su propia red de afiliados (solo disponible en el momento en que se escribe esto para anunciantes de Estados Unidos) en la que explican cómo debes poner los links. Tendría gracia que recomendaran una práctica diferente para el resto de las redes. De todos modos, no la he probado así que no la conozco en profundidad.
Bueno, pues hoy ya tenemos una respuesta definitiva y oficial del Equipo-A de Google, en este caso de Zareen Kazim, Strategist en Google India:
Q 10. I do have a couple of affiliate links on my website that point to Amazon.com and some other websites. I am not getting paid to insert these links into my content but will get some commission on a sale. Should I use nofollow with such affiliate links?
Zareen Kazim: If linking is natural, based on relevancy of a site’s content, I don’t see a violation of any Google Webmaster Guidelines.
While it is legitimate for a webmaster to monetize great content, in order to perform well in Google’s search results it is important to take technical steps in order to prevent unnatural passing of PageRank through paid links, e.g. by either using the “nofollow” attribute or by creating a robots.txt file.
Como siempre, recomiendo leer la fuente y caveat lector, emptor o venditor que lo que Uds. decidan hacer corre por su cuenta y riesgo. Pueden enlazarme tranquilamente, eso sí 
